1933 – 1945
Nach dem 30. Januar 1933, an dem die Nationalsozialisten unter Adolf Hitler die Macht übernahmen und eine Diktatur errichteten, begann die Verfolgung auch der Jüdischen Gemeinde von Breisach.
Kantor Eisemann versuchte das religiöse Leben der Gemeinde trotz Verbot und Einschränkung aufrecht zu erhalten: Diejenigen, die fliehen konnten, wurden von ihm und der Gemeinde gewürdigt und herzlich verabschiedet. Allen jungen Leute gab er ein von ihm gewidmetes Andachtsbuch mit auf den Weg.
Nach der Zerstörung der Synagoge am 10. November 1938 richtete die Gemeinde im oberen Stockwerk heimlich einen Gebetssaal ein, eine „Kahlstub“. Kantor Michael Eisemann starb Anfang 1939 nach der Entlassung aus seiner Internierung und den Misshandlungen im Konzentrationslager Dachau. Seine Witwe konnte über Frankfurt und Lissabon in die USA fliehen, die beiden Söhne nach Palästina.
Während der Evakuierung Breisachs ab September 1939 war das Gemeindehaus verwaist.
Am 22. Oktober 1940 wurden aus dem Gemeindehaus zwei Ehepaare und eine Witwe abgeholt und mit den in Breisach mehr als 6000 Juden aus Baden und Saarpfalz ins Lager Gurs in Südfrankreich deportiert.
